藿香正气丸具有解表化湿、理气和中的功效，还有治疗风寒或暑湿感冒、呕吐、泄泻、中暑、消化不良的作用。具体应用情况如下。
1.用于治疗外感风寒、内伤湿滞引起的感冒，缓解恶寒发热、头身困重疼痛、胸脘满闷、恶心纳呆等症状。
2.用于治疗湿阻中焦造成的呕吐，缓解呕吐、脘腹胀痛、发热恶寒、周身酸困、头身疼痛等症状。
3.用于治疗湿阻气机导致的泄泻，缓解泄泻暴作、便下清晰、肠鸣、腹痛、脘闷、纳呆、恶寒发热、周身酸楚等症状。
4.用于治疗外感暑湿、气机受阻引起的中暑，缓解突然恶寒发热、头晕昏沉、胸脘满闷、恶心欲呕、甚者昏仆等症状。
5.藿香正气丸还可用于治疗功能性消化不良，肠胃型感冒患者也可服用藿香正气丸。
此外，藿香正气丸还可治疗急性胃炎外邪犯胃型、糖尿病腹泻、足癣、慢性荨麻疹、湿疹、汗疹、过敏性药疹。